Палеогеографияның жіктелуі геологиялық кезеңдердегі физикалық-географиялық жағдайлардың түрлі бағыттарын зерттеу әдіс-тәсілдеріне қарай ғылымының мынадай басты бағыттарын ажыратуға болады:
Палеоэкологиялық бағыт — жер қыртысында шөгінді жыныстардың жинақталу ерекшеліктері мен олардың құрамында сақталып қалған органикалық дүние қалдықтарына талдау жасай отырып, ежелгі геологиялық кезеңдердегі өсімдіктер мен жануарлардың тіршілік ортасы туралы; ежелгі мұхит айдындары және олардың бөліктері арасындағы байланыстар туралы; сол кезеңдегі климаттық жағдайдың, су алаптарының тұздылық дәрежесінің индикаторы болып саналатын тірі организмдер туралы деректер жинақтайды. Бұл бағытта жұмыс жасаған ғалымдар арасынан орыс ғалымы Р.Ф. Геккерді атап өтуге болады.
Палеобиогеографиялық бағыт — әрбір геологиялық эралар мен жекелеген кезеңдердегі зоогеографиялық және флоралық провинциялар мен облыстардың таралу аудандарын, ондағы тірі организмдердің түр құрамы мен таралу ареалдарын анықтаумен айналысады. Осы бағыттағы мағлұматтарды жинақтаған Л.Б. Рухиннің, Н.М. Страховтың және М. Шварцбахтың жасаған карталары аса құнды болып саналады.
Палеоклиматологиялық бағыт — палеобиогеографиялық, литологиялық, геохимиялық және палеотемпературалық мәліметтер негізінде ежелгі климаттық жағдай мен қазіргі климаттық жағдай арасындағы ерекшеліктер мен өзара байланыстылықты зерттеумен айналысады.
Терригендік-минералогиялық бағыт — шөгінді жыныстар қабаттарын ауыр және жеңіл минералдар (кварц, дала шпаты) фракцияларының корреляциясы (салыстырмалы талдау) негізінде талдау арқылы олардың шайылу және тасымалдану аймақтарын анықтайды. Осы негізде құрамы мен қалыптасуы жағынан біртектес жыныстардың жинақталу аудандарының арнаулы карталарын жасайды. Ондай карталар топтамасын ресейлік ғалымдар А.П. Виноградов, Л.В. Пустовалов, А.Б. Ронов, Г.И. Теодорович, И.С. Грамберг, Л.А. Гуляев және америкалық ғалымдар У. Крумбейн мен Р. Гаррелс жасаған.
Геохимиялық бағыт — ежелгі мұхиттар мен оның бөліктеріндегі судың тұздылығын, физикалық-химиялық режимін, геологиялық кезеңдегі өзгерістерін, сондай ақ аутигенді минералдарды және жиі кездесетін элементтердің концентрациясын зерттеу, сазды және карбонатты жыныстар құрамындағы темір қосылыстарының тотығу дәрежесін анықтау арқылы атмосфера құрамының өзгерістерін зерттейді. Қазіргі кезде ежелгі су айдындарының түрлі өзгерістерін анықтауда физикалық-химиялық дәл зертханалық зерттеу әдістерінің маңызы күннен-күнге артып келеді. Осы бағытта жұмыс жасаған АҚШ ғалымдары Г. Лёвенстам, С. Эпстайн және ресейлік ғалым Р. В. Тейс еңбектерінің ғылыми және қолданбалы маңызы зор.
Динамикалық бағыт — ежелгі су айдындарының өзгерісін бақылау, яғни тұнба жыныстардың жинақталу сипатын, ағыс бағытын (өзеннің арнасы, теңіз ағыстары), шөгінді жыныстардың жату бағыттары (горизонталь, еңкіш, баспалдақты) ерекшеліктерін анықтауды мақсат етеді. Бұл саладағы түбегейлі зерттеу жұмыстары орыс ғалымдары К. К. Марков, А. А. Величко және А. В. Хабаков еңбектерінде кездеседі.
Палеотектоникалық бағыт — ежелгі тектоникалық құрылымдардың қалыптасу және даму заңдылықтарын, ежелгі формациялар мен фациялардың таралуы мен жиналу қалыңдықтарын талдауға негізделеді. Алғашқы палеотектоникалық карталар В.В. Белоусов, А.Б. Ронов және В.Е. Хаиннің басшылығымен құрастырылған. Олар өзінің құндылығын жойған жоқ, олардың негізінде заманауи әдіс-тәсілдер көмегімен жаңа карталар топтамалары құрастырылуда.
Палеовулконологиялық бағыт — жанартаулық аймақтардағы қалыпты жағдайда жинақталған шөгінді жыныстардың мезгіл-мезгіл көтерілген лавалық ағындар, жанартаулық күлдер және де басқа жанартаулық атқылаулар әсерінен шыққан атпа жыныстар әсерінен бұзылған аумақтардағы режимді палеогеографиялық реконструкция арқылы қалпына келтірумен айналысады. Осы бағыттағы зерттеу жұмыстары Ф.Ю. Левинсон-Лессинг, А.Н. Заварицкий, И.В. Лучицкий сияқты ғалымдар еңбектерінде жинақталған. Қазіргі палеовулканологиялық бағыттағы жұмыстарда құрылымдық-фациялық, формациялық талдаулар және қазіргі заманауи физикалық-химиялық зерттеу тәсілдері кеңінен қолданылады. • Палеогеоморфологиялық бағыт — ежелгі және реликт (қалдық) жер бедері құрылымдарын; жер бедерінің ашық және шөгінді жыныстар қабатымен жартылай немесе толықтай жабылған бөліктерін; жер бедерінің жабылу және ашылу кезінде бұзылуға ұшыраған бөліктерін; сондай ақ эндогендік және экзогендік процестер әсерінен жер бедерінің өзгеру дәрежесін анықтаумен айналысады.
Реликт жер бедері пішіндерін палеогеографиялық және палеогеоморфологиялық жолмен талдау нәтижесінде түрлі геологиялық кезеңдерде қалыптасқан жер бедері пішіндері анықталады, олардың даму тарихының заңдылығы қалпына келтіріледі. Палеомагниттік әдістің көмегімен мұхиттардың сызықтық магниттік аномалия өзгерістері нәтижесінде туындаған мобилистік көзқарас негізінде кембрий дәуірінде біртұтас Пангея материгінің, ал палеозой эрасында суперматерик Гондвананың болғандығы дәлелденді. Бұл жаңалықтар палеогеоморфологиялық реконструкцияның кеңінен қолданысқа енуіне мүмкіндік берді. Палеогеоморфологиялық зерттеулер жүргізуде ресейлік ғалымдар — К.К. Марков, И.П. Герасимов, Ю.А. Мещеряковтың еңбектері өте зор.
Палеоокеанологиялық бағыт — дүниежүзілік мұхит табанындағы жүргізілген терең бұрғылаулар нәтижесінде қалыптасты. Бұл бағыт мұхиттар палеогеографиясын зерттеуге және қалпына келтіруге мүмкіндік беретін жаңа палеоокеанология ғылымының дамуына негіз болды. Бұл салада А.П. Лисицын, У. X. Бергер, Т. Шойф сияқты ғалымдар еңбектерін атап өтуге болады. Сонымен қатар атақты француз ғалымы Жак Кусто басшылығымен жұмыс жасаған «Калипсо» ғылымизерттеу орталығы зерттеулерінің құндылығы жоғары.
Жалпы алғанда палеогеография ғылымының зерттеу бағыттары өте көп, бірақ олардың кейбірі әлі өз дәрежесінде ғылыми тұрғыда толық негізделмеген. Палеогеография ғылымы мақсаты мен зерттеу бағыттарының ерекшелігіне қарай бірнеше құрамдас салаларға жіктеледі. Нарлық тарихи ғылымдар тәрізді палеогеография хронологиялық бөліктерге, атап айтсақ геохронологиялық жүйе бойынша (эралар, дәуірлер, кезеңдер және т.б.) да бөлінеді. Палеогеографияның басты тармақтарын анықтап, оларды жіктеуде мынадай басты көзқарастар мен тұжырымдар бар. Орыс ғалымы Н.М. Страхов палеогеографияны жалпы кеңістікті қалпына келтірумен айналысатын нағыз палеогеографияға және ежелгі физикалық-географиялық жағдайды анықтау мәселесімен айналысатын — биономияға жіктеген. Л.Б. Рухин палеогеографияны жалпы және региондық палеогеографияға бөлген. Дәл осындай бағыттағы жіктемені кейіннен М.Ф. Веклич және В.И. Славин мен Н.А. Ясаманов та ұсынған. Палеогеографияны алдына қойған мақсаты мен зерттеу нысандарына қарай түрліше жіктеуге болады. Зерттеудің мақсаттары мен міндеттеріне сәйкес, палеогеография жалпы, жеке және қолданбалы палеогеография деп бөлінеді. Жалпы палеогеографияның басты мақсаты — палеогеографиялық мағлұматтарды талдау негізінде біртұтас географиялық қабықтың ежелгі тарихын, ондағы басты өзгерістерді қарастыру. Бұл салаға математикалық әдістәсілдер мен үлгілеуді кеңінен қолданатын теориялық палеогеографияны да жатқызуға болады.
Жеке палеогеография белгілі бір нақты бағыттағы палеогеографиялық мәселелерді анықтау және талдаумен айналысады. Оның өзі компоненттік, аймақтық және тарихи палеогеография салаларынан құралады. Компоненттік бағыттағы палеогеография ежелгі табиғатты құраушы жекелеген компоненттер мен процестерді зерттеумен — ежелгі ландшафт құрылымын, палеоклиматтық, палеогидрологиялық, палеофауналық, палеофлоралық, палеогеоморфологиялық және палеоэкологиялық жағдайларды қалпына келтіру мәселелерімен айналысады. Аймақтық палеогеография жер шарының жекелеген нақты бөліктерінің (облыс, регион, аудан, аймақ, бөлік және т.б.) ежелгі табиғатын қалпына келтірумен, ал тарихи палеогеография ежелгі табиғаттағы өзгерістерді геохронологиялық ретпен белгілі бір уақыт аралығы шегінде анықтау және қалпына келтіру істерімен айналысады. Қолданбалы палеогеография — анықталған палеогеографиялық ақпараттарды күнделікті өмірде қолдану мүмкіндігін арттырудың тиімді жолдарын қарастырады. Оның құрамында мынадай басты салалар бар: шөгінділік жолмен қалыптасатын пайдалы қазбаларды (таскөмір, мұнай, жанғыш тақтатас, боксит, темір кені, фосфорит, тас тұзы және т.б.) іздестіру; болжау жасау, оның ішінде палеогеографиялық ақпараттарды ұзақ мерзімді географиялық болжамдар жасауда ұтымды пайдалану; табиғат қорғау және табиғат байлықтарын тиімді пайдалану, қоршаған ортаны зиянды антропогендік әсерлерден қорғау барысында экологиялық және геоэкологиялық бағыттағы ақпараттарды үздіксіз әрі ұтымды пайдалану.
Осы мәселерді қарастыру барысында палеогеография ғылымының ежелгі табиғи орта жағдайларын зерттейтін жаңа бір қолданбалы, «дәстүрлі» емес саласы — палеоэкология қалыптасты. Бүгінгі таңда табиғи ортаның антропогендік факторлар әсерінен өзгеру дәрежесін зерттеу барысында кез келген аймақтағы ежелгі табиғи орта сипатын қалпына келтіруге негіз болатын жаңа қолданбалы сала — палеогеоэкология жедел қарқынмен даму жағдайында. Жалпы алғанда палеогеографияның қандай саласы болмасын оның басты зерттеу нысаны қазіргі географиялық қабық пен оның құрамдас бөліктерінің қалыптасуы мен дамуына алғышарт болған ежелгі геологиялық кезеңдердегі заңдылықтар мен процестерді қалпына келтіру болып табылады.