Қазақ хандығының өзегін қазіргі қазақ халқының құрамына енген түрлі ру-тайпалар құрады, бұлардан басқа ұлтымыздың құрауыш бөлшектері (төре, қожа, т.б.) де жеткілікті, зерттеушілер тарапынан олардың жай-күйі, әлеуметтік орны, этникалық мәселесі соңғы жылдары біршама зерделенді. Дегенмен ру-тайпалардың Қазақ хандығы кезеңіндегі жай-күйін зерделеу ісі ұзақ жылдар бойы кемшін тартып келді деуге болады. Оған кеңестік заманда рушылдықпен, ұлтшылдықпен «жүргізілген күрес» кері әсер еткені белгілі. Жалпы алғанда, қазақ халқының рулық-тайпалық құрылымын зерттеу Ресейде ХYІІІ ғасырдың өзінде-ақ қолға алынды және бұл бағыттағы ғылыми ізденістер отарлық саясат мүддесіне бағындырылды. Сол себепті қазақ рулары мен тайпаларының орта ғасырлар кезіндегі тарихына көп көңіл бөлінбеді. А.И. Левшин, Н.Аристов, А.Харузин сияқты тарихшылар жалайыр, қаңлы, қоңырат, үйсін, найман, керей (керейіт), қыпшақ, арғын, алшын тайпаларының көне заманнан белгілі екендігі, орналасуы, өзара қатынастары сияқты мәселелер төңірегінде шағын ескертулермен ғана шектелді. Қазақ халқын құраған ру-тайпалар туралы алғашқы зерттеулердің бірі – М.Тынышпаевтың «Қырғыз-қазақ халқы тарихының материалдары», «Қырғыз-қазақ руларының генеалогиясы» да қарастырылған бұл еңбек ғалымының 1924 және 1925 жылдары Орыс географиялық қоғамының Түркістан бөлімінде оқыған дәрістерінен тұрады. Онда кейбір қазақ рулары мен тайпаларының Қазақ хандығы құрамына ену тарихы, орналасуы, тілдік, нәсілдік тегі туралы құнды мәліметтер қамтылған. Батыс және ортағасырлық шығыс авторларының деректері негізінде М.Тынышпаев үйсін, қаңлы, арғын, керей, уақ, найман, қоңырат, қыпшақ, алшын, т.б. этникалық топтардың көне дәуірден ХYІІІ ғасырдың орта кезіне дейінгі тарихына, ұрандары мен таңбаларына тоқталады. Автор жинақтаған мәліметтерден мына жағдайларды аңғаруға болады: 1) жалайырлар Ақ-Орда мемлекетіндегі белгілі тайпалардың бірі және Орыс хан мен оның балаларының жасақтарының ұйытқысы болған; 2) Қазақ хандығы құрамына алғашқы енгендердің бірі – қаңлылар, себебі олар ХІY ғасырдың аяғында Сырдария мен Талас аралығын қоныстанған; 3) арғындар ХY ғасырдың бас кезінен Барақ ханның, одан кейін Жәнібектің қоластында болған; 4) осы кезден, дәлірек айтсақ, арғындар мен керейлер (әсіресе, ашамайлы руы) өзара тығыз қатынаста болады. Керейлер 1420 жылғы Барақтың Ташкент пен Ходжентке жасаған жорығына қатысады. М. Тынышпаевтан кейін отандық тарихнамада қазақ халқының этникалық тарихын тереңдеп зерттеуге әрекеттер жасалына қоймады, себебі «рушылдық», «ұлтшылдық» деген айып тағылып, идеологиялық қуғындауға ұшырау қаупі баршылық еді. Тақырып тек өткен ғасырда 60-жылдардан ғана арнайы зерттеу нысанына айнала бастады. Орта ғасырлар кезінде қазақ халқының құрамына енген этникалық компоненттері жөнінде бірнеше іргелі еңбектер жарияланды, бұл проблеманы зерттеу әдістері мен методологиясы қалыптасты. К.А. Пищулина қазақ халқының ХІY-ХY ғасырлардағы рулық-тайпалық құрылымы және орналасуы мәселесін зерттеуде оның үш-төрт географиялық аймақта орналасқан этникалық ұйытқы негізінде қалыптасқандығы туралы идеяны басшылыққа алады. Бұл концепцияның мәні болашақ қазақ этносының ұйытқысы Әбілқайыр хандығында (көшпелі өзбек мемлекетінде), Ноғай ордасында және Моғолстанда көріне бастағандығы туралы пікірге тіреледі. Осы этникалық-географиялық ошақтардың барлығында бірдей ру-тайпалар (қыпшақтар, кеңгерес, қоңырат, найман, арғын, қаңлы, алшын, қарлұқ, алаш және т.б.) қазақ халқының негізін қалады. Қазақ этносы қалыптасуының тағы бір ошағы Солтүстік Қазақстан мен Батыс Сібір өңірі болғандығы туралы пікір ешбір таластудырмағанымен, бұл мәселе әлі түпкілікті зерттеле қойған жоқ. К.А. Пищулина: «Батыс Сібір тайпаларымен көрші болып, оларға елеулі ықпал еткен қазақ тайпаларының негізгі ұйытқысы қыпшақтар еді. Есіл, Торғай далаларының, Ертіс бойының қыпшақтары: құлан-қыпшақ, қытай-қыпшақ, сағал-қыпшақ, торайғыр-қыпшақ және мажар (мадьяр) – қыпшақ бірлестіктеріне бөлінді», – деп жазады. Батыс Сібірде ең ірі этникалық-саяси құрылымдардың бірі Орта Еділ, Тобыл, Есіл мен Тура аумағындағы түркі тілді тайпалардың бірлестігі болды да, онда керейіттер басты рөл атқарды деп көрсетеді зерттеушілер (М.К. Қозыбаев, К.А. Пищулина, М.С. Мұқанов және т.б.). К.А. Пищулинаның қазақ этногенезінің бірнеше этникалық ұйытқылар негізінде дамығандығы туралы концепциясы отандық тарихнамада әлі де болса кең көлемде талқыланып, бағасын ала қойған жоқ. Соған қарамастан орта ғасырлар кезіндегі қазақ рулары мен тайпаларының этникалық тарихы мен орналасуын зерттеу жеке-жеке этносаяси бірлестіктер шеңберінде жүзеге асырылып келеді. Қазақ халқының басты этникалық ұйытқыларының бірі негізін Ақ Орда мемлекеті құрған Өзбек ұлысы жөнінде, оның халқының құрамы, орналасуы туралы іргелі еңбек Б. Ахмедовтың «Государство кочевых узбеков» екендігі белгілі. Отандық тарихнамада бұл тақырып Т.И. Сұлтановтың еңбектерінде зерттелді. Оның Арал өңіріндені тайпаларға арналған кітабы мен «Опыт анализа традиционных списков 92 племен илатийа» деген мақаласында ортағасырлық шығармаларда айтылатын 92 ру-тайпалар анықталған. Автор ХYІ ғасырда Ферғанада жазылған Ахсикентидің «Маджму ат-таварих» шығармасының үш тізімінде көрсетілген «92 илатийа тайпаларының» 20-сы қазақ халқының құрамында да кездесетіндігіне назар аударады. Көшпелі өзбек тайпаларының Қазақстан аумағындағы этногенетикалық процестерге қатысты мәселе басқа да зерттеушілер тарапынан жалғасын табуда. Соңғы жылдары мұндай пайымдаулар З.Қинаятұлы секілді ғалымдар тарапынан көтеріліп те жүр. Отандық тарихнамада Қазақ хандығының шаңырақ көтерген аумағы Моғолстан мен Жетісу халқының этникалық құрамын зерттеу басым бағыт ретінде қалыптасты. Н. Мыңжан Моғолстан мемлекетінің негізгі халқы дулат (дуғлат), қаңлы (бекшік), үйсін, керей (керейіт), арғынот (арғын), барын, барлас, бұлғач, т.б. тайпалар болды; олардың басым көпшілігі ежелден осы өңірде өмір сүрген түркі тілдес тайпалар, сонымен бірге түріктеніп кеткен монғолдар еді деп жазады. К.А. Пищулина еңбектерінде Моғолстан мен Жетісу халқының рулық-тайпалық құрамы, олардың Қазақ хандығының құрылуы мен нығаюы кезеңіндегі этникалық процестер мен саяси оқиғаларға қатысуы, қазақ халқының қалыптасуындағы рөлі шығыс дерек көздері негізінде жан-жақты зерттелді. В.П. Юдин Моғолстан мен Моғулияның «моғолдар» деген атпен белгілі рулары мен тайпаларының ХІY-ХYІІ ғасырлардағы аумақтық орналасуы, тілдік, нәсілдік атрибуциясы, қазақ, қырғыз, ұйғыр халықтарымен этникалық байланыстары мәселелерін қарастырды. Моғолдардың рулық-тайпалық құрамын зерттеуде негізгі дерек көздері Мырза Мұхаммед Хайдардың «Тарихи Рашиди», Шах Махмуд бен Мырза Фазыл Чорастың «Тарих», белгісіз автордың «Тарихи Қашғар» атты шығармалары болып табылады. ХІY және ХY ғасырларға жататын кейбір мәліметтер Хафиз-и Абру, Шараф ад-дин Али Йезди, Низам ад-дин Шами, Абд ар-Раззак Самарқанди, Мирхонд және Хондемирдің шығармаларында да ұшырасады. Осы дерек көздері негізінде Моғолстан халқының этникалық құрамын зерттеген В.П. Юдин кераит (керей), қаңлы (қаңлы – бекшік), аркануд (арханут), сулдуз, доглат, чорас, күрлеуіт, қарлұқ, итаршы, көнші, байрин, калучи, бұлғашы, арлат, барлас, дохтуй, йарки, ордабегі, меркит, шункарши (шулкарши) нарин, долан, балықшы, татар тайпаларының саяси тарихы, көші-қон жерлері, олардың қазақ тайпалармен қарым-қатынастары, этнонимдеріндегі өзгерістері сияқты мәселелерді көтерді. Автор моғолдардың бәрі дерлік түрік тілдес болғандығы, олардың түрік тілінің қыпшақ тармағына жататын қазақ және қырғыз тілдеріне жақын тілде сөйлегендігі туралы маңызды қорытынды жасады. Моғолдар мен қазақтардың Ұлы жүзінің рулық-тайпалық құрамдарын салыстыру авторға моғолдардың, әсіресе, дулат және қаңлы тайпаларының қазақ халқының қалыптасуында маңызды рөл атқарғандығы жөнінде тұжырым жасауына мүмкіндік берді. Ұлы жүз халқының басым көпшілігінің моғолдардан тұрғандығы жөніндегі пікірді қолдамайтындар «Тарих-и Рашиди» және басқа да ХY-ХYІ ғасырларға жататын деректерде моғолдардың дербес этнос ретінде көрсетілгендігіне иек артады. В.П. Юдин бұл дәйектің негізсіздігі Мұхаммед Хайдардың бұл мәселені өз табы мүддесі тұрғысынан зерделегендігіне және автордың Моғолстанның тек оңтүстік бөлігін ғана білгендігіне, ал солтүстік, солтүстік-шығыс аудандарындағы оқиғалар туралы хабары көп болмағандығына байланысты деген уәж айтады. Бірақ 1998 ж. жарық көрген «Қазақстан тарихының» екінші томында: «В.П. Юдиннің пікірінше, «моғолдар» термині, Дунайдан Ертіске дейінгі аумақта тараған «өзбектер» термині сияқты, этноним сипатында болған, яғни халықты білдірген», – деп жазылыпты. Сілтеме жасалынып отырған В.П. Юдиннің көзқарасы қаншалықты дұрыс пайымдалғанын айтпағанның өзінде, «көшпелі өзбектердің» де, «моғолдардың» да этносаяси бірлестіктер болғандығы туралы ескерте кеткен жөн сияқты. Оған Б. Ахмедовтың да («Государство кочевых узбеков»), В.П. Юдиннің де («Моғолстан мен Моғулияның моғулдарының рулық- тайпалық құрамы…») еңбектері дәлел бола алады. Бұл проблеманың кейбір қырлары С. Жолдасбайұлының «М.Х. Дулати және ХY-ХYІ ғасырлардағы Қазақ хандығы» монографиясында қарастырылды. Автордың тұжырымдары көп жағдайда В.П. Юдиннің, К.А. Пищулинаның зерттеу қорытындыларын жаңа мәліметтермен нығайта түседі. С. Жолдасбайұлы «Тарихи Рашиди», «Зафар-наме» мәліметтері негізінде қазақ халқының құрылуына арқау болған тайпалардың бірі қаңлылар болғандығын, олардың Тұғлық Темір уақытында Жетісуды, ал енді бір бөлігінің Сырдария өңірін мекендегенін көрсетеді. Сонымен қатар автор қыпшақ, жалайыр, қатаған, керей, дулат тайпаларының шығу тегі таралуы, тілдік нәсілдік атрибуциясы мәселелерін талдаған. Бұл этностар туралы отандық тарихнамада орын алып келе жатқан көзқарастарға өз пікірін білдірген. Олардың қатарында қаңлы тайпасының этнонимі, дулат тайпасының алғашқы қоныстанған аумағы, басқа тайпалармен қарым-қатынастары мәселелері жатады. «Тарихи Рашидидегі», басқа да дерек көздеріндегі мағұлматтарды салыстыра отырып, дулат тайпасының автохтондығы және түрік тілдес болғандығы туралы қорытынды жасаған. Сол сияқты қазақ халқының құрамына енген жалайырлар Шу мен Сырдария бойын мекендеген.
Отандық тарихнамада керейлер Шыңғыс-хан әскерлерінен жан сауғалап, Қазақстанның солтүстік-шығысы мен батысына қарай жылжығаны айтылып келді. Ал, С. Жолдасбайұлы олардың Жетісу өңірін де мекендеп келгеніне дәлелдер ұсынады. Қыпшақтар туралы Қазақ хандығына арналған барлық еңбектерде айтылады. Отандық тарихнамада Б. Көмеков, С. Ақынжанов, т.б. ғалымдардың іргелі зерттеулері нәтижесінде қыпшақтану саласы қалыптасты. Бүгінгі күні қыпшақтану тарихнамасын жасаудың қажеттілігі де байқалып келеді. Соңғы жылдардағы зерттеулер (Б.Еженханұлы, т.б.) қыпшық тайпасының тарихы қаңлы-үйсін (кангюй-усунь) заманымен астасып жатқандығын аңғартып отыр. Мұхаммед Хайдардың көрсетуіне қарағанда, Мұхаммед Шайбанихан Орта Азияға біржолата үдере көшкенде қыпшақтардың бір бөлігі оған ере кеткен. Қалғандары бұрынғы ата-мекендерін тастамай, қазақ халқының құрамына енген. ХY-ХYІ ғасырларда «қыпшақ» этнонимі, әсіресе, Оңтүстік Қазақстан аумағындағы тарихи оқиғаларға байланысты жиірек ұшырасатындығына С. Жолдасбайұлы да назар аударды. А.Ш.Қадырбаев қыпшақтардың, қаңлылар, қарлұқтар, наймандар, жалайырлар және басқа да түрік тайпаларының Монғол империясы мен Юань империясының саяси және қоғамдық өміріне араласуын, олардың Қазақстан аумағына қоныс аудару кезеңін анықтап, қытай деректері негізінде біршама соны тұжырымдар жасады.
М.С.Мұқанов пен В.В.Востровтың қазақтардың этникалық тарихы жөнінде жазылған еңбектері негізінен ХYІІІ ғасырдан кейінгі кезеңдерді қамтиды. Дегенмен оларда орта ғасырлардағы қазақ рулары мен тайпаларының орналасуына қатысты мәліметтер ұшырасады, сонымен қатар наймандар, керейттер, қоңыраттар, арғындар, уақтар мен қыпшақтардың шығу тегі, рулық құрамы, таралуы, тілдік атрибуциясы жөніндегі пікір таластарға, аңыз-әңгімелер мен басқа да дерек көздеріне көңіл бөлінген. Қазақ хандығы халқының рулық-тайпалық құрылымы, орналасуы сияқты проблемаларды зерттеуде аталмыш жетістіктермен бірге, тарих ғылымында кейбір тайпалардың автохтондығы, тілі, нәсілдік тегі жөнінде пікір таластары жалғасып отыр. Yйсіндер мен қаңлылар Қазақстанға шығыстан келген түркі тілдес тайпалармен араласып, ассимиляциялық процеске ұшырауы нәтижесінде ғана YІ-YІІІ ғасырларда «түркіленді» деген болжамдар айтылып келеді. Б. Ермұқанов қытай деректеріндегі «усунь» мен қазақтың «үйсіні» бір тайпа емес деп пайымдайды. Сонымен бірге ол үйсіндер моңғол шапқыншылығы кезінде Қазақстанға келіп орналасқан, кейін түркіленген моңғол тайпасы деп жазды. Олар (үйсіндер) Дешті-Қыпшақты мекендеді, Жетісуға ХY ғасырдың екінші жартысында ғана қоныс аударды дейді. Бірақ көне және орта ғасырлар заманындағы Қазақстан тарихымен шұғылданып жүрген ғалымдардың көпшілігі үйсіндердің Жетісуда ежелгі заманнан бері мекендеп келе жатқандығы, түрік тілділігі, түрік нәсілінен екендігі туралы пікірді ұстануда. К.Ақышев, Ю.Зуев, Г.А.Кушаев, С.Жолдасбайұлы, А.Досымбаева және т.б. авторлар үйсіндердің сақтардың этникалық, мәдени жалғасы, мұрагері екендігіне күмәнмен қарамайды. Олар қазақтың автохтонды халық екендігін толығымен мойындайды. Ал мұндай ұстаным геосаяси жағынан ұлттық қауіпсіздіктің мызғымастығына қызмет ететіндігі анық.